Navata és un poble pertany de ple a la comarca de l'Alt Empordà, de la qual pràcticament constitueix el límit occidental , situat a prop de les terres de la Garrotxa ja que més enllà, seguint la carrretera de Figueres a Olot, només queda el municipi de Cabanelles que ve a ser el punt de transició entre la Garrotxa i l'Empordà.El terreny ja no és gaire planer, però hi ha grans camps de cereals, oliveres i pinedes... La muntanya del Mont queda força a prop i s'admira des de tot el terme municipal.

El nucli urbà es troba al bell mig d'una plana lleugerament ondulada, adosada a unes muntanyes que s'eleven per la banda nord i li donen l'aspecte de terrassa orientada al mar. La seva altitud és de 145 metres sobre el nivell del mar.

El terme municipal afronta al nord Lladó , Cistella i Vilanant, a l'est Avinyonet de Puigventós, Ordis i Pontós , i al sud Vilademuls i el riu Fluvià , i a l'oest amb Cabanelles i Lladó.